Dal punto di vista teologico, la secolarizzazione non è vista solo come una minaccia esterna, ma come un processo le cui radici si trovano spesso all'interno della stessa tradizione cristiana. Molti teologi, tra cui Karl Rahner, suggeriscono che la secolarizzazione sia il frutto di un movimento iniziato con l'incarnazione di Cristo. Se Dio si è fatto uomo ed è entrato nel "saeculum" (il mondo), il mondo stesso acquisisce un'autonomia che la fede deve rispettare.