Dalam perkembangannya, di bawah bayang-bayang raksasa program BKKBN bagaimanapun tidak mudah bagi PKBI untuk melepaskan diri dari pencitraan yang dengan agresif dibentuk oleh negara melalui BKKBN tentang kontrol terhadap tubuh dan seksualitas perempuan. Karenanya tak mengherankan bila pada beberapa dekade sejak awal berdirinya Orde Baru, PKBI dianggap sebagai LSM plat merah. Namun, daya jangkaunya yang cukup jauh dengan pengelolaan organisasi yang lumayan mapan, kucuran dari lembaga dana terus mengalir ke PKBI. Dengan dana-dana itu PKBI mampu membuka klinik dan cabang-cabang yang hingga saat ini telah mengoperasikan 58 klinik PKBI di 14 provinsi.