Pondok Pinus bercerita mengenai Fransiska, seorang mahasiswa asal Indonesia yang sedang kuliah di Inggris. Ketika ayahnya sakit keras dan dikirim pulang ke Indonesia, dia tetap tinggal di Inggris, berusaha untuk membujuk saudaranya yang menolak untuk pulang ke Indonesia. Ketika akhirnya dia dan saudaranya pulang ke Indonesia, ternyata sang ayah sudah meninggal pada saat keberangkatannya kembali dan telah dimakamkan. Hal ini menimbulkan rasa bersalah pada dirinya. Dengan berbagai masalah yang terjadi pada hidupnya dan masalah kematian sang ayah, bagaimana Fransiska akan mengatasi perasaan bersalahnya?