Hampir semua Gereja Protestan di Indonesia secara historis berakar dalam Reformasi abad ke-16. Dan gereja-gereja tersebut kebanyakan merupakan cabang-cabang Reformasi Calvin. Dari itu, nama Calvin, di samping nama Luther, dikenal dengan baik dalam lingkungan orang-orang Kristen Protestan di Indonesia. Namun dunia pemikiran Reformasi pada umumnya dan Calvin pada khususnya terutama dikenal melalui perantaraan orang-orang yang membawa agama Kristen ke Indonesia, berarti melalui perantaraan para utusan Injil. Pola pemikiran mereka ini sedkit banyak dipengaruhi oleh Pietisme dan oleh theologia abad ke-19.