Kekerasan telah menjadi gejala sehari-hari. Di Jakarta sering terjadi perkelahian massal antar kampung ataupun antar pelajar sekolah menengah. Kriminalitas semakin meningkat dimana-mana. Kerusuhan-kerusuhan besa antar golongan agama ataupun etnis meledak di Tasikmalaya, Sambas, Ambon dan lain-lain. Di Aceh ribuan orang sipil menjadi korban penyiksaan, pembunuhan, pemerkosaan seksual akibat konflik bersenjata antar Gerakan Aceh Merdeka dengan ABRI/TNI. Di Timor Timur milisi-milisi bersenjata pro-Indonesia merajalela, menteror, menyiksa, membunuh, memerkosa, penduduk sipil sejak pemberian dua opsi oleh pemerintah Habibie hingga selesainya pengumuman hasil penetuan pendapat. Di Jakarta lebih dari seribu orang mati dan puluhan lainnya di perkosa dalam kerusuhan besar Mei 1998 akibat krisis politik Orde Baru.