Brigjen TNI Soeharto, tokoh kunci dalam Operasi Mandala ini ditunjuk sebagai Panglima Komando Mandala pada 11 Januari 1962. Selain bertanggung jawab bidang operasional dan strategi, juga bertanggung jawab pada logistik dan berkedudukan langsung di bawah Panglima Besar Komando Tertinggi Pembebasan Irian Barat yang dirangkap oleh Presiden Soekarno. Strategi militer yang diterapkan ada tiga tahap yaitu infiltrasi, eksploitasi dan konsolidasi dipersiapkan.