Pada hari Kamis tanggal 30 Juni 1949 kekuasaan Pemerintah di seluruh Daerah Istimewa Jogjakarta kembali di tangan Pemerintah Republik Indonesia yang berkedudukan lagi di Ibu Kota Jogjakarta. Atas penetapan Presiden, Panglima Tertinggi Angkatan Perang Republik Indonesia, maka buat sementara waktu kekuasaan Pemerintah Republik, baik sipil maupun militer, di Daerah Istimewa Jogjakarta dipegang dan dijalankan oleh Menteri Negara Koordinator Keamanan dengan dibantu oleh segala Badan Pemerintahan dan Alat Kekuasaan serta Pegawai Negeri yang ada dan yang akan datang di Daerah Istimewa Jogjakarta. Segala Badan dan Peraturan Negara Republik Indonesia yang ada sebelum hari tanggal pengembalian kekuasaan di tangan Pemerintah Republik Indonesia, langsung berlaku selama tidak diadakan ketentuan lain. Setelah keadaan mengidzinkan, maka segera P.J.M Presiden, P.J.M Wakil Presiden serta anggota-anggota Pemerintah Republik Indonesia lainnya kembali ke Jogjakarta.