Hubungan negara dan agama baik dalam teori maupun dalam praktek merupakan masalah rumit. Sejarah mencatat ribuan, bahkan jutaan manusia yang telah menjadi korban karena masalah ini tidak diselesaikan dengan baik; Kaisar-kaisar Romawi kuno, yang juga menjabat sebagai Pontifex Maximus (imam agung), membunuh ribuan orang Kristen yang tidak mau menyembah dewa-dewa Romawi. Di India tahun 1947 berkobar perang saudara karena perbedaan agama. Ratusan ribu orang dibunuh. Lebih dari delapan juta orang Hindu meninggalkan daerah yang menjadi negara Pakistan. Sejak tahun 1958 pemerintah Sudan berusaha mengislamkan semua warganegara, termasuk suku-suku negro di daerah sebelah selatan, yang sebagian besar menganut agama Kristen. Oleh karena itu meletuslah perang saudara yang mengerikan.