Kehidupan manusia selalu berjumpa dengan problem-problem dalam realitas kesehariannya. Realitas problem yang dijumpai menggambarkan sejarah perjalanan hidup manusia. Manusia memiliki sejarahnya sendiri, baik sejarah masa lalu maupun sejarah kekinian. Problem sejarah kehidupan manusia terangkum dalam seluruh aspek kehidupan, baik politik, hukum, budaya dan hak asasi manusia. Dalam realitas kehidupan orang asli Papua terdapat begitu banyak problem yang dihadapinya. Orang asli Papua sejak awal berintegrasi dengan penduduknya. Integrasi teritorial berdampak pada seluruh aspek kehidupan orang asli Papua itu sendiri. Akibatnya sejarah integrasi bukan milik orang asli Papua melainkan milik Belanda, Indonesia dan Amerika. Komunikasi politik yang dibangun penuh dengan kepentingan, ketidakadilan dalam penegakan hukum di atas Papua, tidak ada penghargaan terhadap perbedaan budaya dan terjadinya pelanggaran hak asasi manusia di mana-mana di atas Tanah Papua. Pemikiran politik Habermas memberi ruang untuk mengkritisi problem yang dialami orang asli Papua. Sistem politik demokrasi deliberatif yang ditawarkn Habermas dipandang sebagai dasar dalam membangun komunikasi politik tanpa kepentingan, konsensus menjadi sasaran politik dan fakta hukum menjadi pedoman bersama untuk memproteksi seluruh kehidupan warga negara. Individu-individu menentukan seluruh sistem politik yang ingin dibentuk dalam suatu negara. Pemikiran kritis Habermas terbentuk dalam realitas sosial kehidupan kaum borjuis dan proletarian. Dialektika tersebut dapat menutup kebebasan subjek untuk berkomunikasi secara rasional dan kritis. Bagi Habermas proses dialektika menunjukkan bahwa sejarah kehidupan manusia harus menjadi milik subjek bukan sebaliknya. Problem sejarah integrasi Papua disebabkan oleh diabaikannya peran orang asli Papua dalam seluruh proses integrasi itu. Realitas kehidupan sosial-politik harus ditata dan dirumuskan dengan baik agar memberi jaminan kehidupan bagi warganya. Habermas merumuskan realitas sosial-politik yang dibangun harus memperhitungkan sejarah kehidupan manusia, sistem politik bebas dominasi, fakta hukum menjadi dasar, penghargaan terhadap budaya dan hak asasi manusia menjadi dasar dalam kebijakan politis. Problem akan muncul ketika negara tidak menempatkan subjek dalam seluruh aspek kehidupan baik sejarah, politik, hukum, budaya dan hak asasi manusia. Orang asli Papua bukan menjadi subjek utama dalam seluruh realitas kehidupannya baik masa lalu maupun sekarang. Hak untuk menentukan nasibnya sendiri secara bebas dan bertanggungjawab diabaikannya oleh penguasa, baik Belanda maupun Indonesia.