Perjumpaan dan interaksi antarumat beragama kadang kala menghasilkan konflik. Salah satu cara untuk mencegah konflik antarumat beragama ialah dengan menghidupi nilai-nilai toleransi. Gus Dur memberikan teladan dalam penghayatan nilai-nilai toleransi antarumat beragama. Penghargaan terhadap perbedaan ini diperoleh dari kakek dan ayahnya, serta pergaulannya dengan pelbagai latar belakang agama, budaya, bangsa, dan sebagainya. Nilai toleransi dan kerukunan antarumat beragama juga tak bisa dipisahkan dari sejarah perjalanan Islam. Hal ini secara eksplisit maupun implisit ditulis dalam Al-Quran dan sunah Nabi Muhammad SAW. Nabi Muhammad SAW telah mempraktikkan toleransi yang kemudian diikuti oleh para sahabatnya. Oleh sebab itu diharapkan pula agar umat Islam meneladan sikap Rasulullah SAW ini. Kendatipun pada kenyataannya hal ini masih juga jauh dari harapan. Hal inilah yang menggerakkan Gus Dur untuk terus berupaya menghidupi semangat toleransi di Indonesia. Namun harus disadari pula bahwa perjuangan Gus Dur untuk mewujudkan toleransi antarumat beragama di Indonesia kerap menuai aneka tantangan. Pelbagai tantangan yang dihadapi Gus Dur dalam menegakkan toleransi juga tak lepas dari kenyataan bahwa di Indonesia terdapat banyak agama. Agama yang berbeda-beda ini, di satu sisi menunjukkan keindahan dari sebuah keragaman, namun di sisi lain tak dapat lepas dari gesekan. Gesekan ini terjadi karena penganut agama yang satu kerap menganggap bahwa dogma agamanya yang paling benar dibandingkan dengan yang lain. Anggapan-anggapan seperti inilah yang kerap menciderai semangat toleransi yang telah dibangun oleh para pendiri negara yang mendasarkan toleransi agama pada Pancasila dan Bhinneka Tunggal Ika. Pelbagai aksi intoleran yang hingga kini masih terus terjadi merupakan bukti konkrit dari pencidraan semangat toleransi antarumat beragama. Fakta yang paling menyedihkan ialah bawa pihak yang turut menyebabkan terjadinya intolernasi tidak hanya dari rakyat biasa, namun pejabat negara juga kerap terlibat di dalamnya. Oleh sebab itu, pemerintah dengan berpegang teguh pada undang-undang dasar, hendaknya menindak tegas semua pihak yang terlibat dalam aksi intoleransi ini. UUD 1945 pasal 29 secara tegas menyatakan bahwa setiap orang memiliki hak untuk bebas menjalankan ajaran agama dan keyakinannya tanpa dipaksa oleh siapa pun. Islam juga mengajarkan tidak ada paksaan dalam agama. Artinya, bahwa Islam menghargai pilihan bebas seseorang dalam menganut agama dan kepercayaan sesuai dengan keyakinannya. Gus Dur sebagai salah seorang tokoh nasional dan tokoh Islam sangat mendukung setiap orang yang memiliki perhatian terhadap penegakan kebebasan beragama.