Dalam buku Paham Allah ini Romo Tom berkesimpulan, Allah itu tetap tinggal misteri. Yesus Kristus pun tidak pernah memberi penjelasan mengenai Allah. Namun Allah bukanlah misteri tertutup dan mati. Ia berhubungan dengan manusia; secara historis-konkret dalam Yesus Kristus, secara batiniah-spiritual oleh Roh Kudus. Maka sewajarnya Allah oleh Yohanes dipahami sebagai kasih, yang harus menjadi dasar dan tujuan hidup manusia. Dalam buku ini tampak Romo Tom tidak hanya berhasil menemukan pemahaman tentang Allah dari pengalaman tetapi juga menemukan bahasa tentang Allah berdasarkan pengalaman.