Tak dapat dipungkiri pula bahwa sistem pemerintahan pasca amandemen UUD 1945, khususnya setelah perubahan UU No. 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah (UUPD) yang sekarang telah diperbarui dengan UU No. 32 Tahun 2004, ikut menjadi faktor buruknya sistem pengelolaan kehutanan di negara ini. Dalam Pasal 10 ayat (1) UUPD ditegaskan bahwa 'Daerah berwenang mengelola sumber daya nasional yang tersedia di wilayahnya dan bertanggung jawab memelihara kelestarian lingkungan sesuai dengan perundang-undangan'. Ini artinya, desentralisasi bidang kehutanan diberikan penuh pada daerah. Akan tetapi pasal tersebut kontradiksi dengan Pasal 7 yang menyebutkan bahwa, (1) Kewenangan daerah mencakup kewenangan dalam seluruh bidang pemerintahan kecuali moneter, fiskal, pertahanan keamanan, peradilan, agama dan politik luar negeri, serta kewenangan bidang lain. (2) Kewenangan bidang lain, sebagaimana termaksud pada ayat (1), meliputi kebijakan tentang perencanaan nasional secara makro, dana perimbangan keuangan, sistem administrasi negara dan lembaga negara, pembinaan dan pemberdayaan sumber daya alam, pendayagunaan sumber daya alam serta teknologi yang strategis, konservasi dan standarisasi nasional. Artinya, hutan masih dianggap merupakan kewenangan bidang lain pusat dalam rangka terkait dengan kebijakan pembinaan dan pemberdayaan sumber daya alam, pendayagunaan sumber daya alam serta konservasinya.