Kondisi HAM 2005 mencatat bagaimana Indonesia masih terkungkung pada rantai impunitas. Hal ini terlihat dari persidangan kasus Abepura dimana majelis hakim membebaskan para terdakwa pelaku pelanggaran HAM tanpa mengindahkan system pertanggungjawaban komando (Command responsibility) yang telah menjadi bagian dari hukum kebiasaan Internasional. Upaya untuk marayakan kebebasan sipil dan kemerdekaan fundamental (civil liberties and fundamental freedoms) yang telah menjadi hak konstitusi warga negara masih terus dikhianati. Dengan dalih penanggulangan terorisme, pemerintah termasuk pula parlemen berkehendak untuk menguatkan peran lembaga non-judicial dengan memberikan kewenangan eksesif sebagai upaya menjaga keamanan dan stabilitas negara. Yang menarik, pemerintah juga menyeret kembali institusi militer dalam upaya memberantas terorisme yang tidak hanya mengancam kebebasan sipil tapi juga merusak integrated criminal justice system [Sistem Peradilan Pidana]. Demokrasi melalui pemilihan langsung di tingkat lokal dengan seperangkat ketentuan hukumannya ternyata memiliki kekurangan di sana-sini. Tidak diakomodasikan usaha masyarakat untuk mendirikan partai-partai lokal, munculnya calon-calon independen serta penyelesaian sengketa Pilkada merupakan sebagian dari praktik selektif Pemerintah terhadap jalannya demokrasi. Walhasil, kekerasan demi kekerasan muncul dari pihak-pihak yang tidak merasa puas terhadap kebijakan pemerintah ataupun dari keputusan badan peradilan.