Ada 2 pesan dalam cerita Spesies Santri: Pertama, kita ini hidup dengan banyak orang, mulai dari yang muda sampai tua. Jangan menilai seseorang itu hanya lewat luarnya saja, namun kita juga harus melihat kedalaman batinnya. Seperti ceritanya dalam kisahnya Qusyairi kecil, dia menggila-gilakan seseorang yang sedang tidur di serambi masjid, karena Qusyairi dan kawan-kawannya kira orang yang tak merawat diri itu adalah orang gila (karena seseorang itu badannya bau bagaikan tak mandi selama sebulan dan juga pakaiannya yang sudah kumal). Ternyata seseorang itu tak lain dan tak bukan adalah kekasihnya Allah (sang waliyullah) dan dia adalah teman dari kakek Qusyairi. Banyak ulama atau Kyai yang menjelma menjadi sosok orang yang tidak bermartabat namun ternyata ilmunya sungguh sangatlah tinggi. Kedua, jadilah diri sendiri dan hidup apa adanya sesuai dengan kebutuhan adalah suatu nikmat yang sangat tak terkalahkan. Seperti dalam film anime Kaito Kids Joker face. Selalu tampakkan wajah bahagia ataupun jangan sampai orang lain tahu apa yang sedang kita rasakan.