Pembahasan mengenai kebebasan beragama dan aksi kekerasan di Indonesia beranjak dari asas-asas UUD 1945 yang menjamin kebebasan beragama dan hak untuk menjalankan ibadah sesuai dengan agama yang dianut untuk seluruh warga negara Indonesia tanpa kecuali. Kini prinsip dasar tersebut dihadap-mukakan dengan realitas kehidupan sehari-hari dalam negara dan masyarakat misalnya perusakan gedung-gedung gereja dan berbagai macam bentuk diskriminasi yang dialami kelompok-kelompok minoritas agama dalam negara yang berpenduduk Islam terbesar di dunia. Studi ini akan membahas secara mendalam bentuk-bentuk kekerasan di daerah-daerah konflik dimana telah terjadi kerusuhan berdarah yang menjurus kepada perang agama. Akan disimak bagaimana pihak pemerintah dan aparatnya serta bagaimana media massa dan masyarakat luas menanggapi aksi kekerasan yang menimpa kaum minoritas agama. Terutama akan dibahas pula bagaimana reaksi gereja atas ancaman terhadap kebebasan beragama dan atas kenyataan tidak berlakunya tata hukum.