Proses integrasi politik di Irian Jaya menghadapi suatu tantangan dengan kehadiran Organisasi Papua Merdeka (OPM) dan pemberontakannya yang dimulai pada tahun 1965. Pemberontakan itu berlangsung secara sporadis hingga saat ini walaupun setiap kegiatannya dengan mudah dapat dipatahkan. Kondisi yang demikian itu menimbulkan pertanyaan tentang sejauh mana kemantapan proses integrasi politik di Irian Jaya ke dalam negara kesatuan Republik Indonesia. Persoalan yang lebih penting lagi adalah tindakan apakah yang harus diambil untuk memperkokoh kesatuan ini? John RG Djopri, putera asli Irian Jaya, menuturkan bahwa integrasi politik dapat terwujud bila pembangunan nasional dijalankan dengan pendekatan cinta kasih atas dasar persamaan dan persaudaraaan sebagai sesama warga Indonesia. Di samping itu, pembangunan hanya nyata-nyata meningkatkan perikehidupan dan kesejahteraan masyarakat setempat.