Pengelolaan anggaran pertahanan ini sepenuhnya diselenggarakan oleh pemerintah pusat. Karena pada hakekatnya, fungsi pertahanan adalah fungsi penyediaan barang publik berupa terpeliharanya integritas bangsa serta terwujudnya rasa aman bagi rakyat untuk melakukan kehidupan sehari-hari. Hibah dan bantuan yang langsung diberikan kepada TNI bisa membahayakan sistem pertahanan nasional. Perlu digarisbawahi bahwa kebijakan dan perencanaan pertahanan yang telah dibuat membawa konsekuensi pada penetapan postur pertahanan dan susunan kekuatan (force structure). Hibah langsung yang hanya diputuskan sendiri oleh TNI dan pemberi hibah justru bisa (tidak selalu) bertentangan dengan garis kebijakan, strategi dan perencanaan pertahanan yang telah ditetapkan oleh Pemerintah. Selain itu, masalah yang senantiasa dimunculkan ketika berbicara tentang pengembangan kemampuan pertahanan Indonesia adalah minimnya anggaran belanja pertahanan Indonesia. Ketidakmampuan negara untuk meningkatkan anggaran belanja ini seakan memberikan celah bagi TNI untuk secara mandiri mencari dana-dana khusus. Pasal 25 UU No. 3/2002 tentang Pertahanan Negara secara tegas menyebutkan bahwa seluruh pembiayaan pertahanan negara berasal dari APBN, sehingga TNI harus tetap menjadi suatu institusi yang tergantung sepenuhnya pada keuangan negara. Regulasi ini tidak memungkinkan institusi dan prajurit TNI untuk mencari sumber pembiayaan lain di luar APBN. Kondisi ini akan memungkinkan terbukanya peluang bagi penegakan prinsip supremasi sipil.