Ketika orde baru menjelang masa akhirnya, Nurcholish Madjid menjadi orang yang sangat penting; dan ketika teman-temannya sebarisan melanjutkan aksi dengan mendirikan partai politik sebagai sarana menghimpun kekuatan, ia tak tergoda untuk ikut. Padahal ia berpengalaman memimpin organisasi politik. Tampaknya ia terlalu konsekuen dengan perannya sebagai penjaga garis (moralis), sembari tetap memberi dukungan yang berarti. Sikap yang diambilnya ini bukanlah tanpa dasar. Ada argumen keagamaan yang melatari bahkan sudah diyakini sejak tahun 1970-an tatkala melontarkan jargon, Islam Yes partai Islam No? Bagi Nurcholish Madjid Islam harus ditangkap esensinya sebagai agama kemanusiaan. Perjuangan Islam tidak harus lewat lembaga formal seperti partai. Nurcholish Madjid memang sosok cendekiawan yang ingin konsisten dengan pendiriannya.