BIN mengalami kesulitan menjalankan perannya pada saat terjadi perubahan mendasar dalam sistem kepolitikan nasional, yang mencoba untuk mendahulukan kepentingan masyarakat madani dalam suatu transisi, dari sistem politik otorotarian menuju tatanan yang lebih demokratis. Oleh karena itu, perubahan tersebut secara langsung maupun tidak, jelas akan mempengaruhi unsur-unsur utama penyelenggaraan suatu badan intelijen, khususnya pada pergeseran paradigma. Yang dilakukan di sini, bukanlah suatu penghakiman maupun penyudutan atas seluruh sepak terjang BIN sebagai suatu lembaga. Sebaliknya, upaya ini melekat pada keinginan yang tulus untuk melihat, mengidamkan suatu lembaga intelijen yang handal dan di sisi lain, juga bermartabat, sehingga BIN diharapkan dapat berkiprah di, dan diterima oleh masyarakatnya ketika ia menjalankan fungsi dan peran utamanya sebagai pelindung bangsa dan negara.