Buku ini dibagi menjadi tiga bagian. Setiap bagian dibagi lagi menjadi beberapa bab. Bagian pertama Toba Na Sae dibagi menjadi beberapa bab antara lain: Sejarah dan silsilah, Tahun ekspansi kolonialisme data geografis dan silsilah, Sejarah Bius (Paguyuban desa berotonomi penuh). Bagian kedua: Guru Somalaing Lahirnya Gerakan Ratu Adil di Toba dibagi menjadi beberapa bab antara lain: Kisah Perjalanan Modigliani dan Perjalanannya ke daerah Batak-Toba dan Bakkara, Kesan-Kesan Modigliani dalam Konteks Masyarakat Batak-Toba. Bagian ketiga: Wilayah Dairi-Pakpak Sebagai Medan Perang Gerilya di Bawah Pimpinan Singamangaraja XII.